当然前述示例情形下，如果企业拒不改正，或情节严重的，海关还可以按照规定适用相关处罚措施。归结起来：
--不规范行为轻微将被责令限期改正，逾期不改正的，将处以罚款；
--情节严重的，将撤销报关注册登记，还可对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员处以罚款。
2．追征、补征税款或者按规定进行其他处理《关税法》施行前，海关通过稽查发现企业存在少缴或漏缴税款的，会要求企业补缴税款。按规定进行其他处理比如符合主动披露的，按照相关规定进行处理。
3. 进入案件程序《关税法》施行前，稽查部门发现企业涉嫌违法违规情形的移交进行案件处理，经调查认定企业相关行为违反海关监管规定，或者构成走私行为的，将依照《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》等规定进行行政处罚，涉嫌构成走私犯罪的，将移交检察机关提起公诉。
第2、3条在表述的时候之所以都加了个前提——《关税法》施行前，具体我们在下面会讲到。
（三）税额确认与稽查、案件处理程序的关系海关税额确认的内容之一是计税价格的准确性、完整性，实际上在《关税法》施行前海关就已经对计税价格相关要素开展了不少专项价格稽查，所谓价格稽查本质上还是海关稽查，顾名思义是海关针对被稽查人在进出口活动中与“计税价格相关要素”申报的真实性和合法性开展审查的活动，“计税价格相关要素”包含特许权使用费、特殊关系、佣金、运保费以及其他与确定计税价格有关的要素。
专项稽查有别于常规稽查以监督和规范被稽查企业进出口行为为目标的“全面体检”特征，主要是在于发现违法行为，是以风险程度较高或政策敏感性较强的行业、企业、商品为重点而实施的一种稽查作业方式，海关往往会通过风险研判初步调查，锁定目标企业、行业或商品后有的放矢地开展稽查，也因此专项稽查的命中率基本是百分之百的，企业需要对此保持敏感和警醒。
简言之，价格稽查是海关税额确认过程中可以采取的执法手段之一，对此可以从《征管办法》第五十三条得到印证：“海关对进出口货物的计税价格、商品归类、原产地以及应纳税额实施风险管理，根据风险水平实施抽查审核，必要时开展验估、查验、核查、稽查等。”
目前还不清楚的是“海关税额确认”与海关价格稽查程序、海关案件程序之间如何衔接，是把“海关税额确认”作为确定漏缴或少缴税款具体数额的手续，嵌入原有的稽查程序、案件程序中，还是“税额确认”本身就是一个单独的程序？如果是前者，具体如何嵌入，与原来的稽查程序、案件程序如何顺畅高效地衔接；如果是后者，“税额确认”的具体流程规定如何？这些都是目前官方尚未明确的问题，所以我们才在表述本部分“（二）2、3”时加了前提“《关税法》施行前”，《关税法》施行后具体如何需要进一步跟进。